2002ના ગુજરાત રમખાણોમાં તત્કાલિન મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીને ક્લીનચીટ આપનાર SITના રિપોર્ટ વિરુદ્ધ દાખલ કરવામાં આવેલી અરજીને સુપ્રીમ કોર્ટે ફગાવી દીધી છે. આ અરજી ઝાકિયા જાફરી વતી દાખલ કરવામાં આવી હતી. કોર્ટે SITનો તપાસ રિપોર્ટ સાચો માન્યો છે. ઝાકિયા જાફરી પૂર્વ સાંસદ અહેસાન જાફરીના પત્ની છે. જસ્ટિસ એએમ ખાનવિલકર, જસ્ટિસ દિનેશ મહેશ્વરી અને જસ્ટિસ સીટી રવિકુમારની બેન્ચે આ ચુકાદો આપ્યો હતો. સુપ્રીમ કોર્ટે ઝાકિયા જાફરીની અરજી પર મેરેથોન સુનાવણી પૂર્ણ કર્યા બાદ સાત મહિના પહેલા 9 ડિસેમ્બર 2021ના રોજ નિર્ણય અનામત રાખ્યો હતો. ગુજરાત રમખાણોની તપાસ માટે રચાયેલી SITએ હવે વડાપ્રધાન નરેન્દ્ર મોદીને ક્લીનચીટ આપી છે.
હકીકતમાં, 2002ના ગુજરાત રમખાણો દરમિયાન, ઝાકિયા જાફરીના પતિ એહસાન જાફરીની, જે તે સમયના કોંગ્રેસના ધારાસભ્ય હતા, તોફાની ટોળા દ્વારા માર્યા ગયા હતા. ગુજરાત રમખાણો દરમિયાન ગુલબર્ગ સોસાયટી હત્યાકાંડમાં અહેસાન જાફરીનું પણ મોત થયું હતું. અહેસાન જાફરીની વિધવા ઝાકિયા જાફરીએ સુપ્રીમ કોર્ટમાં અરજી દાખલ કરીને SITના રિપોર્ટને પડકાર્યો હતો. SITના રિપોર્ટમાં રાજ્યમાં ઉચ્ચ હોદ્દા પર રહેલા લોકોને ક્લીનચીટ આપવામાં આવી હતી. એસઆઈટીએ ગોધરા ટ્રેન આગની ઘટના અને તે પછીના રમખાણોને ઉશ્કેરવા માટે રાજ્યના ઉચ્ચ અધિકારીઓ દ્વારા કોઈ કાવતરું હોવાનો ઇનકાર કર્યો હતો. 2017માં ગુજરાત હાઈકોર્ટે SITના ક્લોઝર રિપોર્ટ સામે ઝાકિયાની ફરિયાદને ફગાવી દીધી હતી.